Fin des années 1990, dix ans après la saison 3. Jotaro Kujo se rend dans la ville de Morioh à la recherche de son oncle, fils illégitime d'un précédent Jojo. Au cours de son périple il se lie d'amitié avec un lycéen du nom de Josuke Higashikata qui s'avère être celui qu'il recherche. Jotaro va pouvoir le mettre en garde contre un manieur de Stand qui se cache dans sa ville.